Növényföldrajzi szempontból Székelyföld a Carpaticum flóratartományba tartozik. A tengerszint feletti magasság szerint több növényzeti öv különíthető el. 500 m alatt a természetes növényzetet a gyertyános-tölgyes öv alkotja, itt előfordul még a cserfa, szilfa, hárs, kőris. 500 és 1000 m között, a dombságok magasabb és a hegységek alacsonyabb részein a bükkerdők öve húzódik. 1000 m-nél magasabban a tűlevelű erdők öve található (ez az erdőövezet legfelső szintje, túlnyomórészt lucfenyő alkotja), amely nagy kiterjedésű területeket borít. A hegyközi medencék körül (a hőmérsékleti inverzió miatt) és a hegyek északi lejtőin a fenyőerdők már 600 m magasan is megjelennek.

A legmagasabb hegységekben (Hargita, Hagymás-hegység) megtalálható az alpesi övezet is, jellemző növényei: közönséges boróka, fekete áfonya, havasi törpefenyő. A nagy növényzeti övezeteken kívül vannak sajátos növényzetű területek is (ilyenek például a vízpartok közelében az ártéri berkek). Székelyföld legféltettebb természeti vagyona az erdő, amit már sok éve korrupt politikai körökkel összefonódott érdekszövetségek kíméletlen irtással termelnek ki.

Székelyföld területén jelenleg egy nemzeti park, a Békás-szoros - Nagyhagymás Nemzeti Park található. Székelyföld határától néhány km-re két másik nemzeti park is van, ezek a Kelemen-havasok Nemzeti Park és a Csalhó Nemzeti Park.